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In origine, nel 1855 la sede del Museo Civico di Vicenza si trovava nella prestigiosa sede del Palazzo Chiericati. In tale sede il Museo ebbe modo di arricchire notevolmente importanti collezioni naturalistiche, grazie a donazioni Scortegagna, Gardinale, Lioy, e molti altri illustri naturalisti. Si ricordano ricchi erbari, minerali argentiferi, il fossile del Crocodilus vicetinus, proveniente da una cava di Bolca, un Pipistrello trovato nelle ligniti di Monteviale, molto altro ancora.
Durante il secondo conflitto mondiale il Civico Museo venne bombardato (18 marzo 1945) e quasi tutti i materiali naturalistici furono irrimediabilmente distrutti. Delle antiche collezioni solo due raccolte paleontologiche sono state recuperate tra le macerie del palazzo.
L'odierno allestimento si compone quindi in gran parte di acquisizioni e donazioni recenti, anche se di valore non certo inferiore. Le collezioni del Museo oggi constano di preziosi reperti ornitologici, montati o in pelle tra i quali molte specie rare, collezioni malacologiche e osteologiche, i sette faldoni che compongono l’Erbario del famoso naturalista - archeologo Paolo Lioy realizzato tra il 1854 e il 1856. Ricche sono pure le collezioni entomologiche che annoverano al loro interno diversi olotipi e paratipi di specie descritte nel vicentino o da naturalisti locali, che accrescono il forte legame del museo con il territorio.
Collezione Entomologica Insetti cavernicoli Renato Regalin
Collezione Entomologica Erminio Piva
Collezione Entomologica Paolo Fontana
Collezione Entomologica Lepidotteri Alberto Fracasso
Collezione Entomologica F.M. Buzzetti
Collezione Entomologica Coleotteri Dino Mondin
Collezione Entomologica Faustino Cussigh
Collezione Invertebrati in liquido
Collezione Malacologica
Collezione Ornitologica Pelli-montati
Collezione Ornitologica Giovanni Baron
Collezione Ornitologica De Marchi
Collezione Erpetologica Alcool-esuvie
Collezione Geo-paleontologica - Vertebrati (Quaternario)
Collezione Osteologica Anfibi e Rettili
Collezione Chirotterologica
Macromammiferi - Pelli
Micromammiferi - Pelli
Collezione Ittiologica in alcool
Collezione Osteologica Macromammiferi
Collezione Osteologica Ornitologia
Collezione Geo-paleontologica - Fossili
Collezione Paleontologica-petrografica
Collezione Geo-paleontologica - Minerali e Rocce
La collezione comprende numerosi materiali; probabilmente parte di essi provengono dal "Gabinetto di Storia Naturale" dove erano conservate donazioni fatte al Museo nell'Ottocento. La collezione è formata da 656 pezzi indeterminati, raccolti in 12 cassette.
656 esemplari.
Collezione Geo-paleontologica Da Schio et al.
Collezione Osteologia Fauna quaternaria Grotta del Lupo
Collezione Paleontologica Franco Mastrovita
Collezione Paleontologica - aperta
Erbario Paolo Lioy
Erbario Valente Luigi Stefano
Erbario Antonio Dal Lago
Erbario Rubus - Tesi Pisana Costantin
Strobili
Parassitismo su piante vascolari
Raccoglie campioni di vegetali con galle e alterazioni dell'apparato vegetale da parte di larve e insetti adulti.